个性化引物定制平台可以满足您差异化的检测需求,您只需要提供您想要检测的位点区域或者您希望的检测需求,我们的专家团队会在6-8周完成您的定制设计并交付试剂产品。
基于我们ampPD引物设计平台定制的所有产品均是使用SLIMamp专利建库技术进行单管建库。同时您的定制产品也可以匹配PiVAT生物信息分析平台,最低可以检测到1%的低频突变(使用UIDs最低检测0.1%的突变)
产品优势
单管扩增
检测SNV、indels、CNV, SNVs
低起始量建库
6-8周交付产品
仅供研究使用。不用于诊断过程。
Panel 应用
临床应用 | 肿瘤、遗传疾病、眼科疾病、地中海贫血症、家族性高胆固醇血症、携带者筛查、无创产前检测等 |
样本类型 | 肿瘤组织、外周血、血浆、FFPE、胸腹水、口腔拭子等 |
突变类型 | SNV、Indel、CNV、Fusion |
覆盖区域 | 热点区域或基因的全部编码区 |
生信分析 | 支持云端或本地软件布置 |
技术支持 | 实验+生信技术支持 |
定制 panel 能力 – 引物库设计,文库构建,PiVAT生信分析
输入样本类型 | 基因组DNA (全血、唾液),cell-free DNA(血浆),FFPE DNA,RNA |
单个样本DNA输入量 | 1ng - 80 ng (推荐不少于10ng) |
Panel大小 | 最高每个引物池5,000个扩增子(amplicons) |
单个引物池可否设计重叠扩增子 | Yes |
目标区域设计覆盖率 | >90% |
实验流程 | 样本8小时内建库完毕并上机测序 |
使用平台 | Illumina;BGI;Ion Torrent |
可用测序接头 | 相应测序平台的双端接头 |
最低检出限 (LOD) | 无UID情况下1%-2% (10ng样本);有UID情况下0.1%-0.2% (20ng样本) |
Mapping Rate | >90% |
On-target rate | >90% |
覆盖均一度 | 优化后>90% |
定制panel试剂盒组分 | 引物池,建库试剂盒,测序接头 |
定制周期 | 不需要测试与优化2-5周;需要的情况下6-10周 |
每个panel引物池数量 | 根据样本类型分开,DNA、cfDNA、RNA (fusion)原则上各1个引物池 |
交互式设计,功能性设计, 定制生信服务 | Yes |
性能验证
Sensitive and robust variant detection
肺癌结直肠癌22基因检测Panel在对低起始量样本的检测上表现出色。 左图为使用该Panel在对15名临床患者样本(6名非小细胞肺癌和9名结直肠癌)进行检测,每个样本分别投入5ng和50ng完成建库,不同突变频率的突变检测一致性高,R2≥99%。
使用肺癌结直肠癌22基因检测Panel检测不同降解程度的FFPE标准品(Horizon Discovery),评估不同降解程度下的样本突变检测的精确性
(样本数:10)
设计和交付周期
无需测试和优化
经过测试和优化